微生物實驗室常用儀器設備有厭氧培養箱、恒溫培養箱、干熱滅菌箱、高壓蒸汽滅菌器、超凈工作臺。
1、厭氧培養箱
厭氧培養箱亦稱厭氧工作站或厭氧手套箱。厭氧培養箱是一種在無氧環境條件下進行細菌培養及操作的專用裝置。它能提供嚴格的厭氧狀態恒定的溫度培養條件和具有一個系統化、科學化的工作區域。
2、恒溫培養箱
恒溫培養箱是一類恒溫腔體的統稱。廣泛應用于醫療、工業、生物化學、工業生產及農業科學等科研部門，主要作用為培養各種微生物或者組織、細胞等生物體。
3、干熱滅菌箱
干熱滅菌箱采用干熱滅菌法，是指用高溫干熱空氣滅菌的方法。該法適用于耐高溫的玻璃和金屬制品以及不允許濕熱氣體穿透的油脂（如油性軟膏機制、注射用油等）和耐高溫的粉末化學藥品的滅菌，適用于耐高溫的玻璃器皿、瓷器、玻質注射器等，不適合橡膠、塑料及大部分藥品的滅菌。
4、高壓蒸汽滅菌器
高壓蒸汽滅菌器是利用飽和壓力蒸汽對物品進行迅速而可靠地消毒滅菌的設備，適用于醫療、科研、農業等單位。高壓蒸汽滅菌器按照樣式和大小分為手提式高壓蒸汽滅菌器、立式高壓蒸汽滅菌器、臥式高壓蒸汽滅菌器等。可對醫療器械、敷料、玻璃器皿、溶液培養基等進行消毒滅菌。
5、超凈工作臺
超凈工作臺，又稱凈化工作臺，是為了適應現代化工業、光電產業、生物制藥以及科研試驗等領域對局部工作區域潔凈度的需求而設計的。
其通過風機將空氣吸入預過濾器，經由靜壓箱進入高效過濾器過濾，將過濾后的空氣以垂直或水平氣流的狀態送出，使操作區域達到百級潔凈度，保證生產對環境潔凈度的要求。