低溫噴霧干燥機相對普通噴霧干燥機，主要的差別在于進風溫度的差異，一般的噴霧干燥機，進風溫度在180℃以上，熱敏性的物料，物理性質或化學性質發生變化，特別是生物活性材料，如細菌，活性酶等，會失活，而低溫噴霧干燥機，進風溫度*低能做到50℃左右。
低溫噴霧干燥機主要適用于高校、研究所和食品,化工,企業,實驗室生產微量顆粒粉末，對溶液如乳濁液、懸浮液具有廣譜適用性, 適用于對熱敏感性物的干燥如生物制品、生物農藥、酶制劑等，因所噴出的物料只是在噴成霧狀大小霧滴時，才受到干燥風系統，故只是瞬間受熱，能保持這些活性材料在干燥后仍維持其活性成份不受破壞。

低溫噴霧干燥機在進行使用時為能夠確保其設備以及管路和與成品接觸的部件的清洗，獲得好產品，有規矩的清洗設備是十分必要的。當產品種類更換時，或者噴霧干燥機設備已經停工24h以上而未清洗的，需作一次*底的清洗。低溫噴霧干燥機水清洗方式，能夠有效的依據其實際挑選干洗、濕洗或化學洗：

干洗：用刷子、吸塵機清理。

濕洗：用60~80℃的熱水開展清洗。

化學洗：用堿液、酸液和各種洗潔劑清洗。